Футбольный клуб «Анжи» был основан 12 мая 1991 года директором бъединения «Дагнефтепродукт» Магомедсултаном Магомедовым и Александром Маркаровым – деирктором детской футбольной школы, в последствии неоднократно руководившим командой.

Начав свою жизнь вступлениями в чемпионате Дагестана, молодой коллектив быстро поднимался наверх: победа в чемпионате республики в 91-м, победа во второй лиге в 92-м, и выход в первую лигу по итогам 1996 года. Надо отметить, выход в первую лигу был осуществлен известным тренером Эдуардом Малофеевым, успешно руководившим игроками, из которых 80 процентов являлись местными воспитанниками.

Новая глава началась на закате 90-х годов. Команду возглавил Гаджи Гаджиев, который смог решить задача выхода в высшую лигу отечественного футбола. В первом же сезоне элитного дивизиона махачкалинцы ошеломляюще финишировали на четвертом - еврокубковом месте, при этом до последнего борясь за бронзовые награды чемпионата. К сожалению, выступление в турнире УЕФА завершилось быстро. Уступив в одном матче (регламент на тот момент) «Глазго Рейнджерс» на нейтральном поле – 0:1, евросезон закончили. В том же 2001 году, «Анжи» добрался до вершины Кубка России, где в серии послематчевых пенальти уступил московскому «Локомотиву» – маститому кубковому бойцу.

Несмотря на громкие победы по итогам сезона 2002 клуб покидает Премьер-лигу. Начиная с 2003 года начинается борьба за возвращение в элиту российского футбола. Но не все было так просто. Лишь через 7 лет задуманное  увенчалась победой в первом дивизионе, в 2009 году.

Золотом вписаны в историю «Анжи» страницы, начиная с 2011 года, когда владельцем клуба стал Сулейман Керимов. Целая плеяда зарубежных звезд первой величины пополнили состав дагестанской команды: Роберто Карлос, Самюэль Это`О, Лассан Диара, Виллиан, Юрий Жирков, Владимир Габулов, Ласина Траоре. Результаты не заставили себя ждать, в сезоне 2012-2013 «Анжи» завоевывает «бронзу» РФПЛ, «серебро» Кубка России, в Лиге Европы обыгрывает «Ливерпуль», «Удинезе», «Янг Бойз», «Ганновер 96». Тренерский мостик в этот период занимал знаменитый Гус Хиддинк.

Переформатирование клуба сезона 2013/14 стало настоящей сенсацией, сменился тренер, на мостик взошел Гаджиев, состав покинули «звезды», и несмотря на неплохое выступление на европейской арене, «Анжи» покинул российскую Премьер-лигу. В следующем сезоне команда, на то время уже возглавляемая Сергеем Ташуевым, возвращается в РФПЛ.

Последующие сезоны в Премьер-лиге не были столь успешными как прежде, но команда достойно выступала в лиге сильнейших. Команду в эти годы возглавляли Юрий Семин, Руслан Агаларов, Павел Врба, Александр Григорян и Вадим Скрипченко.

По итогам 2017/-2018 футбольного года «Анжи» занимает 14-е место, и в стыковых матчах с красноярским «Енисеем» уступает сибирякам место в Премьер-лиге. Тем не менее главная команда Дагестана осталась в элитном дивизионе, в связи со снятием с турнира пермского «Амкара». Впрочем, сезон спустя, заняв 15-е место в РФПЛ, наш нынешний соперник покидает высшую футбольную лигу России. При этом клуб испытывал серьезные финансовые трудности, что привело к отказу в выдаче лицензии на участие в сезоне ФНЛ. С тех пор «Анжи» играет в ПФЛ.